Les causes organiques sont dues à des douleurs (peu importe la cause, la durée, qu'elles soient aiguës ou chroniques). Cela peut aussi être dû à de la fièvre ou une insuffisance cardiaque, respiratoire ou rénal qui perturbe le sommeil. Pour remédier à la cause organique, il est nécessaire de traiter la cause de la douleur.

On peut noter comme cas d'insomnie organique les maladies de Parkinson, l’Alzheimer etc... provoquant un trouble du sommeil.

Il y a aussi l’obésité, hyperthyroïdie, le diabète... qui ont de violentes répercussions sur le sommeil notamment l'apnée du sommeil.

Il y a aussi l'envie d'uriner pendant la nuit. Un adulte en bonne santé peut dormir sans avoir besoin d'uriner la nuit. Cela peut être dû à un cas de nycturie ou d'infection urinaire concernant souvent  des personnes de 50-60 ans (maladie de la prostate).

À savoir que les boissons contenant de la caféine (coca, café...) ont pour attribut d'être énergisantes et donc à empêcher le sommeil. Il y a aussi le thé, l'alcool, le chocolat, qui contrairement aux boissons énergisantes, contient de la théine.

Les dernières choses pouvant maintenir éveillées sont la drogue, notamment le cannabis, l'amphétamine, l'ecstasy... ainsi que certains médicaments.